Habibi plaatst een oud Arabisch volksverhaal over de verboden liefde tussen twee studenten in de moderne tijd. Aan de universiteit op de Westelijke Jordaanoever vallen de dromerige Qays en de mooie Layla voor elkaars charmes. Wanneer hun studievisa worden ingetrokken, keren ze terug naar hun conservatieve Palestijnse geboortedorp.
Om met zijn geliefde Layla te kunnen trouwen heeft Qays geld nodig voor de bruidsschat. Maar omdat hij niet heeft kunnen afstuderen, woont hij nu bij zijn arme vader in een vluchtelingenkamp. Met een baantje in de bouw probeert hij wat geld bij elkaar te schrapen. Ondertussen maakt hij zijn liefde voor Layla kenbaar door gedichten te schrijven op de scheidingsmuren in het Palestijnse dorp. Zijn nachtelijke poëzie-escapades brengen niet alleen hemzelf in gevaar, maar ook Layla, wier reputatie op het spel staat. Layla hoopt verder te kunnen studeren en uiteindelijk met Qays samen te zijn. Haar ouders en broer hebben echter andere plannen voor haar toekomst.
Habibi is de eerste lange speelfilm sinds vijftien jaar die is opgenomen in de beruchte Gazastrook.