In november 2005 schiet een Israëlische soldaat bij een vluchtelingenkamp op de Westelijke Jordaanoever de Palestijnse jongen Ahmed Chatib dood, omdat hij zijn speelgoedgeweer voor echt aanzag. Ahmeds vader Ismael neemt binnen twaalf uur na de dood van zijn zoon een opmerkelijke stap. Hij besluit om de organen van zijn zoon te schenken aan zes Israëlische kinderen. Dankzij deze geste zijn vier van deze kinderen twee jaar later nog altijd in leven. Regisseurs Leon Geller en Marcus Vetter volgen Ismael op zijn reis door Israël langs drie van deze kinderen. Wat hebben de donororganen van Ahmed betekend voor de betreffende families? The Heart of Jenin toont niet alleen mensen die hun vooroordelen dankzij de actie van Ismael overboord hebben gezet, maar ook ouders die het moeilijk hebben met de wetenschap dat hun kind leeft dankzij een Arabisch orgaan.